Образовательная деятельность является основным видом деятельности Военно-морской академии и включает в себя организацию и проведение учебной и методической работы.

      Учебная работа включает в себя организацию и проведение всех видов учебных занятий, текущего контроля успеваемости, промежуточной и итоговой аттестации обучающихся. Содержание образования и организация образовательного процесса в Академии определены основной образовательной программой профессионального образования. Академия при подготовке офицеров с высшим профессиональным образованием на современном этапе реализует программы высшего профессионального образования, послевузовского и дополнительного образования, определенных Лицензией Минобразования и науки России. Основные образовательные программы осваиваются в очной и заочной формах.

     Подготовка высококвалифицированных специалистов в области управления крупными воинскими коллективами и всестороннего обеспечения деятельности ВМФ в мирное и военное время осуществляется по 18 специальностям и 14 специализациям. Учебные планы и программы по всем специальностям отвечают современному уровню развития ВМФ, военной науки и практики флотов. В программах использован деятельностный подход к подготовке специалистов.

      Обучение слушателей спланировано в трех организационных потоках, соответствующих профилям обучения - командному, командно-инженерному и инженерному.

      В основу военно-профессиональной подготовки положена система комплексных учебных задач по основным задачам, решаемым силами флота последовательно - на тактическом, оперативно-тактическом и оперативном уровнях. Они отрабатываются на общем оперативно-тактическом фоне по принципу от простого к сложному, что позволяет наиболее полно реализовать в учебных программах базовые профессиональные задачи по видам служебной деятельности выпускников. В тематике задач больше внимание уделено обучению слушателей ведению боевых действий в условиях локальной и региональной войны, в совместных действиях с войсками других видов Вооруженных сил и других силовых структур.

      Завершается обучение в Академии проведением единственной в своем роде среди военных вузов России зачетной командно-штабной военной игры для слушателей выпускников всех специальностей. Игровая форма проведения учебных комплексных задач позволяет искать и вводить новые методы активизации работы слушателей, предоставляет им возможность больше думать самим, формулировать свои решения по новым задачам и вводным. Создание нестандартных условий приучает слушателей к большей самостоятельности, требует от них поиска оригинальных решений. Ежегодно Государственная аттестационная комиссия в своих отчетах дает высокую оценку уровню обучения слушателей Академии. Количество выпускников окончивших Академию с золотой медалью за последние шестьдесят лет составляет 728 человек.

      Сегодня подготовку флотских командиров как воспитателей подчиненных осуществляет кафедра Военно-гуманитарных дисциплин. Здесь слушатели изучают философские, исторические, социологические и психологические аспекты управленческой деятельности военных кадров.

         Важная роль в подготовке офицерских кадров для ВМФ отводится академическим курсам. Основное предназначение курсов - повышение квалификации и переподготовка специалистов при назначении на новые, более высокие должности с учетом изменений, происходящих в науке, технике, флотской практике за последние годы. Академические курсы из-за их динамичности и оперативности для Академии являются своеобразным полигоном для отработки новых идей в совершенствовании образовательного процесса.

        Сегодня на ниве подготовки офицерских кадров с высшим военным образованием трудится 430 преподавателей, из них 299 являются учеными: в том числе имеют ученые степени доктора наук - 65 преподавателей, кандидата наук - 234 преподавателя. Из всего состава преподавателей 65 человек имеют ученое звание профессор и 134 - доцент. 40 преподавателей признаны лучшими методистами, из них 26 удостоены звания «Лучший методист академии» два и более раз, из них профессоры Александров В. Н., Абрамов М. А., Ганин М. П., Зарайский В. А., Кротков Ю. В., Цыпышев В. И. и доцент Ошеров Г. А. имеют стаж педагогической деятельности 35 и более лет. Весь преподавательский состав Академии представлен 42 кафедрами, из них 5 общеакадемических: кафедра военно-гуманитарных дисциплин; физической подготовки и спорта; международного морского права и военного права; прикладной математики и иностранных языков.
       В образовательной деятельности Академии активно применяются современные методы и технологии обучения направленные на активизацию и интенсификацию учебной деятельности слушателей, посредством придания всем видам занятий проблемно-деятельностного характера, анализа конкретных учебно-профессиональных ситуаций, внедрения игровых форм, тестов, индивидуально-адаптированных учебных практикумов. Результаты работы по совершенствованию форм и методов обучения в Академии постоянно обсуждаются на ежегодных учебно-методических, научно-методических и научно-практических конференциях и сборах преподавательского состава.

                 В целях координации действий руководства и научно-педагогической общественности вузов ВМФ и гражданских вузов, Главного командования ВМФ и Минобразования России, научно-исследовательских учреждений, управлений и служб ВМФ в интересах совершенствования качества подготовки офицерских кадров по направлениям и специальностям Военно-Морского Флота, обеспечения непрерывности и преемственности образования, прогнозирования тенденций развития военно-морского образования на базе Академии создано Учебно-методическое объединение. В его состав, наряду с Академией,, входят все военно-морские вузы России и ряд военных вузов г. Санкт-Петербурга. Руководит деятельностью объединения начальник Академии адмирал Ю. Н. Сысуев.

       В интересах научного обеспечения образовательного процесса в 1989 году создана научно-исследовательская лаборатория (НИЛ-ВО), начальник НИЛ - капитан 1 ранга В. П. Кобзев. Основными направлениями научных исследований лаборатории являются: содержание и стандартизация военно-морского образования, функционирование и обеспечение системы образовательного процесса, управление качеством образования, подготовка и издание учебно-методических пособий, организация и проведение научно-практических конференций, сборов и выставок. Высокую оценку от руководства ВМФ получили изданные лабораторией учебно-методические пособия по развитию Военно-морского образования и монография «Состояние и проблемы военно-морского образования в России».

     Повышение квалификации руководящего и педагогического состава организуется на плановой основе, в формах: докторантуры и соискательства; дополнительного профессионального образования; стажировки на флотах, в управлениях, отделах, службах органов управления ВМФ и флотов, в НИУ; в системе командирской подготовки, путем участия в мероприятиях оперативной и боевой подготовки флотов и в процессе самостоятельного совершенствования своих военно-профессиональных знаний и навыков. Ежегодно повышают квалификацию свыше 20% преподавателей Академии Учебно-лабораторная база Академии включает в себя 170 помещений, в т.ч. 4 поточные аудитории на 150 посадочных мест каждая. Поточные аудитории оснащены современными мультимедийными видеопроекторами.

     В Академии в целях организации и проведения образовательного процесса достаточно широко используются передовые информационные технологии и вычислительная техника. Автоматизация процессов управления и компьютерная поддержка учебного процесса осуществляется в рамках создания интегрированной информационной системы Академии с использованием оптоволоконных технологий.

     Основу тренажерной базы Академии составляет комплекс электронных оперативно-тактических тренажеров «Океан», включающем в себя учебные командные пункты и тренажерные комплексы. В составе тренажеров имеется цифровой вычислительный комплекс на базе ЦВМ ВМФ и фрагменты систем боевого управления ВМФ, объединенные в локальную вычислительную сеть.

     Академия обеспечивает каждого обучающегося основной учебной и учебно-методической литературой, необходимой для осуществления образовательного процесса, по всем дисциплинам, профессиональных образовательных программ в соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов. Две библиотеки Академии соответствуют требованиям Минобразования и науки России. В их составе имеется 18 абонементов (учебной, научной, специальной и художественной литературы), 2 читальных зала учебной и научной литературы. Для работы с учебной и научной литературой используется методический кабинет Академии, а также 7 методических кабинетов кафедр, имеющих собственные фонды литературы. Общий фонд учебной и учебно-методической литературы Академии составляет более 345 тыс. экземпляров, в том числе по аттестованным академическим специальностям 192 тыс. экз., среди которых более 10 тыс. экземпляров составляют ядро учебно-методического комплекса Академии.

     Организацию и контроль учебной и методической работы в Академии, а соответственно и образовательной деятельности осуществляет учебный отдел, возглавляемый доктором военных наук, профессором, капитаном 1 ранга О. К. Мешковым.